Pokémon Pinball: Rubí y Zafiro es la secuela del juego que vendió millones de copias, Pokémon Pinball para Game Boy Color. Pokémon Pinball: Rubí y Zafiro combina la rápida acción de los "flipper" mientras capturas tus Pokémon favoritos. Lanzando una Pokéball para empezar la partida, los jugadores utlizan los flippers para mantener la bola en juego y conseguir golpear los interruptores que hay en cada mesa para abrir los distintos modos de juego. Existen dos mesas de juego, la Rubí y la Zafiro. Dependiendo de la mesa en la que jueges se podrán capturar Pokémon distintos, tal y como ocurría en las ediciones de Pokémon Rubí y Zafiro. Cuando captures un Pokémon salvaje en una de las mesas de pinball, la información se añadirá a tu Pokédex de Pokémon Pinball Rubí y Zafiro (tal y como se muestra abajo). En cuanto a gráficos se refiere, han mejorado considerablemente en comparación con el primer Pokémon Pinball, y lo mismo ha ocurrido con la música y las animaciones de los Pokémon en pantalla. En esta nueva versión, se han incluido PokeShops, o lo que es lo mismo, tiendas Pokémon donde poder comprar cosas tan útiles como Salva Bolas. Para más detalles sobre las tiendas visita la guia.

Pokémon Pinball: Rubí y Zafiro es uno de los primeros juegos que soportan ser jugados en el Game Boy Player con una opción especial. El juego incluye un rumble, tal y como ocurría con su primera versión. ¿Que ocurre con esta opción si lo conectamos al GameBoy Player en nuestra Gamecube? Pues sorprendente mente, si jugamos al juego desde nuesta Gamecube, las vibraciones se trasladarán al mando de control y podremos seguir sintiendo las vibraciones. Pero eso no es todo. Con el GBA Cable link pues interncambiar información entre cartuchos Pokémon Pinball: Rubí y Zafiro, como pueden ser los récords conseguidos en cada tablero o intercambiar información del Pokédex para que ese Pokémon que no tienes aparezca de forma más sencilla en el juego y puedas capturarla tu mismo. ¡El Pokédex incluye 4 Pokémon ocultos en el juego!

También existen pantallas de Bonus durante la partida. Las pantallas de Bonus son accesibles durante distintos momentos de la partida y su aparición dependerá de tu puntuación y del número de Pokémon capturados en tu actual partida.

Los jugadores quedarán absorvidos por la increible jugabilidad de Pokémon Pinball Rubí y Zafiro. Si esto parecía poco, Nintendo Japon brinda a los jugadores nipones la posibilidad de utilizar el E-Card Reader, el lector de cartas, que tras leer una de las E-Cards de Pokémon Pinball Rubí y Zafiro harán que ciertos eventos ocurran con más frecuencia. De momento no parece que estas cartas se pongan a la venta fuera de Japón.